L'escouade GHOST de Motoko est appréhendée par une escouade de cyborgs de l'US Delta Force. Un agent américain se faisant appeler John Smith engage GHOST pour une mission de sauvetage, et leur fait effectuer divers exercices d'entraînement en réalité virtuelle, tout en prévoyant secrètement de les faire tuer ensuite. Pendant ce temps, Togusa essaie de contacter les anciens membres de la section 9, et il suit la piste jusqu'en Californie, où il rencontre finalement l'un des Tachikoma de Motoko.