Rokuro Okajima, jeune employé d'une grande entreprise, voyage sur les mers d'Asie du Sud-Est pour livrer un disque contenant des données secrètes. Mais son bateau est un jour abordé par une bande de pirates des temps modernes désireux d'obtenir le fameux disque. Pris en otage sur leur bateau, le Black Lagoon, il finira par faire partie de l'équipage contre son gré...

Okajima Rokuro est un jeune diplômé qui mène une vie morose depuis qu’il a intégré une grande firme japonaise. Sa triste existence va brusquement être bouleversée lorsqu’il va être pris en otage par une bande de pirates des mers venus lui dérober un disque au contenu douteux. D’abord malmené par Revy, la tête brulée du groupe, puis trahi par ses employeurs, Rokuro va se montrer plus casse-cou qu’il en a l’air et prendre goût à cette vie de mercenaires rythmée par les montées d’adrénaline.C’est ainsi que sous le surnom de Rock, notre héros va rejoindre Dutch, Levi et Benny trois pirates des temps modernes.