Le lycée Kōdo Ikusei est un établissement prestigieux grâce à son architecture moderne et son taux de réussite. En effet, près de 100% de ses élèves vont ensuite à l'université ou trouvent un travail. La liberté est également présente sur plusieurs points, comme la coiffure ou la possibilité de pouvoir venir avec ses effets personnels. Kōdo Ikusei semble ainsi être un lycée parfait, mais en réalité, seul les meilleurs des étudiants se voit accorder des privilèges...C'est dans cet établissement qu'étudie Kiyotaka Ayanokōji. Pour une certaine raison, il a négligé son examen d'entrée et se retrouve dans la classe D, où tout est fait par l'école pour humilier les élèves qui s'y retrouvent. Toutefois, le destin peut encore changer, et la rencontre de Kiyotaka avec Kikyō Kushida et Suzune Horikita va le prouver.

Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…Classroom of the Elite