Shido Itsuka, qui était un lycéen normal au lycée Raizen, rencontre le premier Esprit, Tohka, et éveille son pouvoir pour "sceller le pouvoir de l'Esprit". Bien qu'ils soient des êtres craints et détestés en raison de leur immense pouvoir, les Spirits ont toujours été seuls et ne connaissent que le combat et la mort. Shido, le seul au monde à avoir le pouvoir de sceller la puissance des Esprits, se lance dans des rendez-vous mortels avec les magnifiques Esprits afin de les sauver.

Un tremblement spatial massif dévaste le centre du continent eurasien, ôtant la vie à plus de 150 millions de personnes. 30 ans plus tard, un nouveau tremblement spatial se produit, sous les yeux d’Itsuka Shidô, un simple lycéen pas très doué en histoires de cœur. Il fait alors la rencontre d’une jeune fille qui s’avère être un esprit. Elle est un désastre qui menace l’humanité, un monstre d’origine inconnue, une existence rejetée par le monde. Pour s’en défaire, deux solutions : recourir à la force ou à la séduction. Shidô choisira la deuxième option. Entrez dans une nouvelle ère de drague !