Épisodes: 01 - 48Arc Île de Galuna (Ep 10 - 18)Natsu choisit une quête de rang S et entraîne avec lui Lucy. Grey part les stopper et finit par aller avec eux sur l’île maudite de Galuna. Erza est envoyée plus tard elle aussi pour les stopper.Arc Phantom Lord (Ep 19 - 29)Natsu, Lucy, Happy, Grey et Erza sont de retour ! Ils ont la surprise de retrouver leur guilde détruite. Mirajane leur apprend que c’est l’œuvre d’une autre guilde, celle de Phantom Lord. Cette dernière ne s’arrête d’ailleurs pas là et attaque trois mages de Fairy Tail, entrainant une guerre ouverte entre les deux guildes, ce que souhaitait Phantom Lord pour créer une diversion leur permettant de kidnapper Lucy.Arc Loki (Ep 30 - 32)Après l’attaque de Phantom Lord, le passé et l’identité de Loki sont révélés.Arc Tour du Paradis (Ep 33 - 41)Les amis d’enfance d’Erza font leur apparition. Et son passé resurgit peu à peu…Arc Bataille de Fairy Tail (Ep 42 - 48)De retour après l’épreuve de la Tour du Paradis, l'équipe a la surprise de retrouver Fairy Tail complètement reconstruite ! Mais d’autres surprises attendent nos héros…

Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d’elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L’histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l’une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.