Épisodes: 49 - 96Arc Oracion Seis (Ep 49 - 68) Les guildes de Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale et Cait Shelter forment une alliance pour détruire la puissante guilde noire des Oracion Seis, qui n'est pourtant composée que de 6 membres.Arc Daphné (Ep 69 - 72) Daphné veut capturer Natsu pour créer un dragon artificiel. Grey décide de s’associer avec elle pour l’aider et, par la même occasion, régler ses différends avec Natsu. Ainsi, il trahit Fairy Tail.Arc Edolas (Ep 73 - 96)La ville de Magnolia disparaît avec tous ses habitants sauf Natsu, Wendy, Gajil, Lucy, Happy et Carla. Ils découvrent qu’elle se trouve dans un autre monde : Edolas.

Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d’elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L’histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l’une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.