Au lendemain de l'attaque du village, Naruto et Sakura sont choqués de découvrir que Danzo a été choisi comme nouveau Hokage. Et son premier ordre du jour concerne le ninja rebelle de l'équipe 7, Sasuke ! Ensuite, les Kage de chaque village se réunissent pour un sommet au Pays du Fer, et Naruto demande le pardon pour Sasuke au Raikage. Mais le cycle de la haine est profond dans le monde des shinobis, et tandis que les cinq Kage discutent de la façon de traiter l'Akatsuki, le mystérieux Madara s'avance et révèle des vérités qui vont bouleverser le monde de Naruto !De plus, remontez le temps jusqu'à un tournant dans la vie du jeune Kakashi, alors qu'il se bat aux côtés de ses coéquipiers sous la direction du quatrième Hokage !

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…