Naruto déclare à ses amis son intention de s'attaquer seul à Sasuke, tandis que les doyens de la Feuille prennent une décision sérieuse quant à l'identité de celui qui occupera le siège vacant de Hokage : Kakashi ! Au Mont Myoboku, Gerotora, Fukasaku et le Grand Seigneur doyen débattent de l'opportunité de donner à Naruto la clé du Sceau du Tétragramme que Gerotora détient, un geste qui pourrait potentiellement libérer les Neuf Queues.

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…