La quatrième grande guerre ninja fait rage, et le danger vient de toutes parts. De vieux camarades et ennemis sont sortis de leur tombe sous le contrôle de Kabuto pour combattre les forces alliées. Alors que certains gardent leur calme, d'autres doivent lutter contre leurs émotions. L'entraînement de Naruto l'a rendu plus puissant, mais certains pensent que sa possession des neuf queues fait de lui un danger. Pendant ce temps, Sakura et le Ninja médical font face à un danger unique, car un ennemi pourrait se trouver parmi eux derrière les lignes alliées. Les forces alliées pourront-elles survivre aux assassins et à leurs amis ressuscités pour gagner la guerre ?

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…