Des années avant de devenir le professeur de Naruto, Kakashi était membre de l'équipe d'intervention de l'ANBU, si impitoyable qu'il a gagné le surnom de "Kakashi au sang froid". Mais malgré sa réputation, il est hanté par la mort de ses amis les plus proches lors de la troisième grande guerre ninja.Alors qu'il lutte contre cette perte, Kakashi doit découvrir qui est à l'origine d'expériences génétiques illégales, survivre aux menaces au sein de sa propre organisation, échapper à la capture par les partisans d'Orochimaru et combattre un jeune shinobi qui possède un redoutable et très rare Jutsu de style bois. Et après ces épreuves, un autre jeune ninja rejoint son unité : Itachi Uchiha !

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…