Naruto et les shinobis alliés réussissent à extraire les bêtes à queue d'Obito, laissant Madara comme dernier ennemi à vaincre. Obito se rend compte de son erreur, mais le Zetsu noir l'empêche d'intervenir. La Bête à neuf queues est extraite de Naruto, et lui et Sasuke sont laissés près de la mort. Au milieu de tout cela, l'histoire mouvementée du clan Hyuga et les événements qui se sont déroulés dans le Village de la Feuille pendant que Naruto s'entraînait avec Jiraya sont révélés !

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…