Asuma et Shikamaru doivent faire preuve de perspicacité pour affronter les jutsu époustouflants du binôme Akatsuki, Hidan et Kakuzu. À la dernière minute, les Akatsuki sont rappelés, mais pas avant d'avoir porté un coup fatal à un shinobi vénéré de la Feuille. Le ninja dévasté qui reste derrière ne pense qu'à se venger, mais Tsunade s'oppose à ce projet jusqu'à ce qu'une offre d'aide arrive d'une source inattendue.

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…