Après l'attaque de Pain, les Ninja de la Feuille entreprennent de reconstruire leur village. Naruto et Sakura sont ravis de retrouver Tazuna et son petit-fils Inari du Pays des Vagues, qui sont venus les aider. Pendant que la restauration se poursuit, les Ninja de la Feuille et leurs amis réfléchissent aux événements passés qui ont influencé le village et l'ont aidé à gagner des alliés comme le Sable.De plus, nous avons un aperçu du parcours d'entraînement de Naruto avec Jiraiya, et nous rejoignons l'équipe 7 originale lors d'une mission où Sasuke était encore avec eux !

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…