Nous sommes en l’an 2138. Yggdrasil, le célèbre MMORPG à succès est sur le point de fermer. Momonga, le fondateur de la guilde dont la renommée n’est plus à faire attend seul l’arrêt du jeu. Cependant, l’heure de la fermeture passée, Momonga ne se déconnecte pas et les personnages non jouables se retrouvent peu à peu dotés d’une conscience… Un nouveau monde est sur le point de faire son apparition.

L’histoire débute dans un jeu qui se nomme Yggdrasil. Tout se passe bien jusqu’à l’annonce de la fin de ce dernier. Nous suivons alors les aventures du personnage appelé Momonga qui est le mage le plus puissant dans ce jeu. Lors de la désactivation de Yggdrasil, l’apparence de notre héros se décompose pour devenir un squelette. Mais son personnage ne fut pas déconnecté, et suite à cela, il décide de ne pas quitter le jeu mais de le gouverner.