Cette saison se sépare en deux arcs :Les 5 guerriers de la Lune ont perdu la mémoire depuis leur dernier combat, mais Luna sera obligé de réveillé les guerrières afin d'empêcher Ali et En, deux extraterrestres de voler l'énergie des humains, ceci voulant sauver leur arbre ancestrale grâce à elle.Dans le second arc, Usagi accueille chez elle Chibiusa, une cousine éloigné dont elle ne connaissait pas l'existence, très vite Usagi comprendra que la petite fille est poursuivi par des ennemis venant du Royaume de la Lune Noir. Mais Pourquoi ? et qu'elle est le secret de la jeune fille ?

Une collégienne de 14 ans nommée Bunny Tsukino découvre qu’elle a été élue pour devenir la justicière Sailor Moon. Elle sera chargée de retrouver la princesse de la Lune, l’héritière du trône du Millenium d’argent, mais aussi le Cristal d’argent, une pierre précieuse aux pouvoirs surpuissants. Une mission qu’elle remplira à l’aide de Sailor Mercury, Sailor Mars, Sailor Jupiter, Sailor Venus, Sailor Pluto, Sailor Chibi-Moon, Sailor Neptune, Sailor Uranus et Sailor Saturne…