C'est la guerre froide entre l'est et l'ouest, une paix précaire a été établie entre Ostania et Westalis. Mais cette paix étant fragile, "Twilight ", un brillant espion envoyé de Westalis à Ostania, est chargé de mener à bien l'opération Strix consistant à se rapprocher et enquêter sur la cible qu'est le politicien extrémiste d'Ostania, Donovan Desmond. Pour ce faire, il doit changer une nouvelle fois son identité en créant une famille et en adoptant un enfant afin de l'inscrire à la prestigieuse école Eden que le fils de Desmond fréquente.

Twilight, le plus grand espion du monde, vient de recevoir une mission de la plus haute importance, nom de code : Opération STRIX.Son objectif : s’approcher de Donovan Desmond, le chef du parti « Nation Unifiée », afin d’enquêter sur ses projets politiques douteux.Pour y parvenir, notre agent super secret doit fonder une famille de toute pièce afin de s’introduire dans l’école Eden : la plus prestigieuse école de toute l’aristocratie, dans laquelle étudie le fils de sa cible.Totalement dépourvu d’expérience familiale, Twilight adopte une petite fille dont il ignore tout des dons de télépathie, et s’associe à une jeune femme à l’allure timide : en réalité une redoutable tueuse à gage.Ce trio hors du commun va devoir tout mettre en œuvre afin de ressembler à une famille unie et aimante… Il en va de la réussite de l’opération STRIX, et de l’avenir du pays tout entier. SPY×FAMILY