Peu après les événements de Yokohama, les forces américaines décident de traquer l’auteur de l’explosion ayant rasé une partie du continent asiatique. C’est alors que de mystérieuses attaques semblant avoir été perpétrées par des vampires se produisent à plusieurs reprises au Japon, coïncidant avec l’apparition d’une bien étrange jeune fille.

La « Magie » que nous connaissons n’est issue ni des légendes, ni des contes de fées. Elle est devenue une réelle technologie depuis près d’un siècle. Plusieurs pays de ce monde s’opposent dans une course à la formation de « Magiciens ». Tatsuya Shiba est un étudiant sans capacités magiques inscrit au Premier Lycée de Magie ; il y étudie avec sa sœur Miyuki, qui se trouve être la meilleure élève parmi les première années.