L'histoire se déroule dans un Tokyo moderne mais hanté par de mystérieuses "goules" dévorant les humains. La peur et le chaos règnent sur la ville mais certaines personnes tentent malgré tout d'avoir une vie "normale".C'est notamment le cas de Ken Kaneki, un étudiant de 18 ans. Mais, un jour, il est attaqué par une goule et manque d'y laisser sa peau. Sauvé de justesse, il survit grâce aux organes de la goule, greffés à la place de ceux qu'elle avait détruit en l'attaquant. Le jeune homme est désormais un hybride et va vivre un véritable enfer .

Alors que Tokyo est envahie par des créatures amatrices de chair fraîche à l’apparence humaine, Ken, mi-homme mi-goule se retrouve coincé entre deux mondes.